明末清初時，福建福清黃檗山萬福寺住持隱元禪師在花甲之年應邀從廈門出發，乘坐鄭成功提供的大船東渡日本弘法，開創了日本禪宗三大宗派之一的黃檗宗。以隱元禪師為代表的僑僧僑民傳播先進中華文化和科學技術，涉及思想、建築、雕塑、書法、印刷、音樂、醫學、茶道等，被稱為「黃檗文化」。如今，黃檗文化被譽為「中日交流史上的明珠」，至今仍具有非凡影響力。
有關台灣「黃檗寺」的史籍記載也很多。如編纂於康熙三十五年的《台灣府志》卷九「外至·寺觀」寫道「黃檗庵，在海會寺南數里，壬申年，災於火。癸酉，僧募緣重建。」編於嘉慶十二年的《續修台灣縣志》卷五「外編·寺觀」載：「黃檗寺，在大北門外。」據考證，台南府城「七寺八廟」之一的黃檗寺原址即為清代秘密組織–天地會「總舵主」陳永華（化名陳近南）之故居。
相傳陳永華將軍為清代秘密組織–天地會（洪門）的創始人，自稱「總舵主」，為了避免身份曝光，陳永華將軍在中國大陸各地的許多聯絡人，皆以「陳近南」為化名來發佈命令。飽讀詩書的陳永華將軍，曾經深得鄭成功的賞識，並譽「復甫乃今之臥龍也」，授予「咨議參軍」之職，後來有人認為他輔佐鄭氏父子的功業有如諸葛亮輔佐劉備、劉禪父子，而稱陳永華將軍為「東寧臥龍」、「 鄭氏諸葛」。
黃檗寺原為陳永華之故居，明鄭覆滅以後就無人居住。1688年左營守備官孟太志捐款興建成寺，名為黃檗寺，陳永華的故居改建以後，許多天地會的人寄跡寺院托缽為僧，隱於黃檗寺內，而黃檗寺就成為了反清復明的重要據點。
在日據時期，黃檗寺已經殘破不堪，該寺就被拆除改為育苗試驗圃，後來又在此處建鐵路局職員宿舍，二次大戰時也被炸毀。1917年闢建為日本陸軍衛戍醫院。
1948年國民政府接收此處並成立陸軍訓練司令部軍醫院，9月中旬開始收療病患。隔年，更名為台灣省陸軍司令部軍醫院，並於1950年改制為「陸軍總司令部軍醫院」、十月再改編成「陸軍軍官學校軍醫院」。1960年改稱「陸軍第804總醫院」，並於1987年遷移至桃園市。醫院遷離後，原址在2000年撥交給國立成功大學作為力行校區校舍，於2003年6月18日公告為台南市市定古跡，歷經修復之後，於2013年成為該校台灣文學系系館。
陳永華夫婦原本合葬於赤山堡大潭山（今台南市柳營區果毅村），明鄭割據勢力滅亡後，清朝把夫妻兩人的遺骸，遷葬於福建同安後溪鎮，原來的墓碑就此荒廢。直到日據時期，被一位日本人發現，墓碑上刻：「皇明贈資善大夫、正治上卿、都察院左都御史、總制、咨議參軍、監軍御史，謚文正陳公暨配夫人淑貞洪氏墓，墓碑得以保存下來，接著在發現墓碑的原處，蓋了一座衣冠塚。1953年列入台灣省史跡保護，1976年由當時的台南縣政府接管至今，可惜知道的人不多。
今天，台南市孔廟附近的永華宮，清朝時期廣澤尊王廟信徒打算重建廟宇，於1750年重整完成後，為了紀念陳永華的政績，就將廟名改為永華宮，並且配祀陳永華的神像。
近年來，黃檗文化不僅成為中日學術界熱門話題，關於海峽兩岸黃檗文化歷史也逐漸被兩岸學者重視，促進兩岸社會人文交流。（本文作者：鄭訓焓，廈門大學嘉庚學院日本語言與文化學院本科生；鄭松波，福建技術師範學院黃檗文化與海上絲綢之路研究院特聘研究員）
